玩家登上的船舱是游戏前期资源积累的关键区域，这里藏有能提升剧情推进效率、战斗能力及后期探索便利性的核心道具，合理获取可显著降低道馆挑战难度，为通关全程奠定基础。
船舱内最核心的贵重物品当属秘密钥匙，这是开启地面系道馆大门的唯一凭证，错过将直接导致剧情卡关。该道具位于船舱二楼右侧房间的书架角落，互动时会有明显的物品拾取提示。获取后需妥善保管，后续前往华蓝市地面系道馆时，它是唯一的开门凭证，同时还能解锁隐藏的地面系技能学习器，能让口袋妖怪掌握挖洞技能，在后期洞穴探索中快速挖掘出路，大幅提升探索效率。
除秘密钥匙外，船舱一层的船长房间会赠送伤药道具，这是前期稀缺的恢复类物品，能为口袋妖怪回复200点HP。在剧情推进过程中，野外战斗极易出现HP耗尽的情况，前期又缺乏充足的恢复道具，这份伤药可有效缓解资源压力，尤其适合在前往岩石系道馆前，为主力口袋妖怪完成状态满额补给，提升道馆对战胜率。船长还会额外赠送学习装置，这是前期极具价值的辅助道具，装备后口袋妖怪参与战斗即可获得经验值，无需出场，能快速培养队伍中未参与战斗的成员，实现全员等级均衡发展，避免出现等级断层的尴尬情况。
船舱的储物区域还藏有PP最大值提升剂，可直接提升口袋妖怪技能的PP上限，让每个技能能使用次数增加10点。在连续战斗中，技能PP耗尽会导致口袋妖怪被迫使用挣扎技能，不仅威力极低还会反伤，而这份道具能有效解决这一问题，尤其适合配备在输出型主力口袋妖怪身上，延长其战斗续航能力。同时储物区还能找到特攻努力值提升药剂，为后期培养高战力口袋妖怪埋下伏笔，通过累计努力值提升特攻属性，让口袋妖怪在后期的战斗中输出更具爆发力。
探索船舱时还可发现多个精灵球，其中包含高级球和治愈球。高级球相比前期常见的精灵球，捕捉成功率更高，适合用来捕捉水系、火系等稀有口袋妖怪，完善队伍阵容；治愈球则能在捕捉后直接恢复口袋妖怪的HP和状态，避免捕捉后因状态不佳无法继续战斗。船舱的走廊区域还藏有技能学习器啄，可让口袋妖怪掌握飞行系技能，威力稳定且命中精准，能为队伍补充飞行系输出手段，应对草系、格斗系等克制属性的口袋妖怪，丰富战斗策略。
