二战风云海军系统内存在可自由操控的潜艇单位，解锁、编队、战术伏击整套操作流程完整，是海战核心输出兵种之一。
解锁潜艇的基础条件围绕港口建筑等级与海军科技研发推进，港口升级至指定等级后，训练界面会解锁潜艇生产线，同步完成水下作战相关科技，就能批量生产潜艇编队。所有潜艇编队可在海域地图内自主规划航线，手动指定伏击点位、进攻目标、撤退路线，不存在锁定AI自动作战的限制，操控自由度覆盖近海、海峡、远洋全海域场景。潜艇自带水下隐蔽机制，未进入交战回合时敌方航母舰载机、远程舰炮无法锁定单位，只有驱逐舰搭载反潜设备能提前探测，利用该特性可在礁石、狭窄海峡布置伏击群，等待敌方战列舰、运输船队途经后发起突袭。编队调度时可单独拆分潜艇小队，与水面舰队分两路行动，水面舰船正面吸引敌方火力，潜艇从侧翼水下切入，专门针对高血量大型舰船打出高额克制伤害，潜艇伤害倍率远高于常规水面舰艇，批量编组后能快速压低敌方主力舰队血量。
实战操控需要把控交战回合机制，常规海战前六个交战回合潜艇无法出手，这段时间要依靠战列舰、巡洋舰抵挡敌方首轮输出，避免前排快速溃散导致潜艇暴露。完成六轮基础交战后潜艇才会启动水下攻击，此时集中全部潜艇单位集火敌方核心舰船，能快速拉开战损优势。军官搭配是强化潜艇操控上限的关键，带有伏击、水下增伤词条的军官编入潜艇编队，可进一步放大隐蔽突袭伤害，防守海域时大批量潜艇驻守港口近海，能有效拦截前来掠夺资源的远洋舰队。刷海域资源据点也适合使用潜艇编队，雾天、夜间海域环境会进一步降低敌方反潜探测范围，少量潜艇就能无伤拿下低级海上资源点，减少舰船损耗，节省修复、补充部队消耗的各类海洋物资。
操控潜艇时需要规避克制兵种威胁，驱逐舰是潜艇的主要克制单位，敌方编队搭配大量驱逐舰时，不宜直接正面突袭，可绕开反潜巡逻航线，选择敌方航母、战列舰单独移动的落单目标发起进攻。军团多人联合作战时，可分工布置多支潜艇小队，分守多条海上航线，形成狼群伏击网，切断敌方海上补给运输线路，限制对手海军资源产出。日常养成无需投入过多稀有物资，潜艇训练成本低于战列舰，成型速度更快，新手玩家优先量产潜艇编队，能快速拥有成型海战战力，不用长时间囤积高阶水面舰船，降低海域争夺的入门门槛。
